לאורך ההיסטוריה ובמשך אלפי שנים שימשו צמחים לטיפול ומניעה של מחלות. לכן אין זה מפתיע, כי בדומה למסורות רפואיות עתיקות ברחבי העולם קיים תיעוד לטיפול בצמחי מרפא גם בישראל. כבר בכתבים קדומים ואף בתנ"ך קיימים אזכורים למגוון רחב של צמחים רפואיים, ובקרב קהילות רבות מתועד שימוש מסורתי נרחב של צמחי מרפא בישראל.
החל מהצרי שנזכר בספר ירמיהו, שזוהה כלבנה הרפואי (Styrex officinalis), ועד המרקחת הסודית שפיתח נזיר פרנציסקאני לפני 300 שנה בירושלים ונקראה הבלזם הירושלמי – בישראל, שהיוותה צומת מרכזי של מסחר ומוקד עלייה לרגל, התפתחה מסורת עשירה של שימוש בצמחי מרפא.
במדינתנו הקטנה ניתן למצוא שפע של מעל ל-2600 צמחים שונים, כאשר לפחות 700 מהם היו בתקופה זו אחרת בשימוש רפואי רווח ועדויות לשימוש זה ניתן למצוא כבר בתנ"ך ובתלמוד. אך מעבר לקהילה היהודית, גם הבדווים, הדרוזים וערביי האזור עשו שימוש בצמחים מקומיים כמזור למחלותיהם. צמחים אלה שימשו לרפואה, במקביל לשימוש קולינרי ומניעתי.
צמחים רבים הנמצאים כיום בספרות צמחי המרפא היוו חלק מהותי בתזונה היומיומית של תושבי האזור, ושימשו גם כרפואה מונעת. ביניהם ניתן למנות את עכובית הגלגל, המרקולית המצויה, הסרפד ורבים אחרים.
גם כיום, בתקופת הסתיו, יוצאים הדרוזים לאסוף את גבעולי העכובית ולהכין מהם מטעמים. הידע שעבר מדור לדור שימש לטיפול ולמניעה של מחלות שכיחות, ומאחר שבעבר נתקל האדם יותר במחלות זיהומיות, ניתן למצוא אזכורים בעיקר לצמחים נוגדי זיהום שענו על צורך זה.
במקביל, התפתחה בארץ רפואה מושכלת המבוססת על תורתו של גלנוס, כאשר אחד ממבשריה היה אסף הרופא שפרסם את "ספר הרפואות" בראשית המאה העשירית לספירה. משפיעים לא פחות היו רבי חיים ויטאל, וכמובן, הנשר הגדול – הרמב"ם. הרופאים היהודים עשו להם שם ברחבי העולם, שירתו בחצרות מלוכה וזכו להערכה. אותם רופאים לא השתמשו בלעדית בצמחים המקומיים, אלא הסתמכו על תורות רפואיות מקובלות באותה העת, ובהתאם רשמו למטופליהם גם חומרים מיובאים. לראייה, כבר בתנ"ך אנו מוצאים אזכורים לשימוש בשרף המור, שאינו צמח מקומי.
גם במסורת הנזירים שהתגוררו בארצנו ועסקו ברפואה רווח השימוש בצמחי מרפא. תרופה מפורסמת כזו, הבלזם הירושלמי, פותחה לפני 300 שנים על ידי האב אנטוניו מנזאני די קונא, נזיר המנזר הפרנציסקאני בירושלים, ששימש כרופא ורוקח. הבלזם שימש בזמנו לטיפול פנימי וחיצוני במגוון רחב של בעיות בריאות, ושימושיו אוששו במחקר מודרני שפורסם בשנת 2005 בכתב העת הנחשב, Journal of Ethnopharmacology.
אם כך, ניתן לומר שבישראל התקיימו שתי רפואות מקבילות. האחת עממית, שהסתמכה על צמחים מקומיים בלבד, ושהידע אודותיה עבר מפה לאוזן ומדור לדור; ולצידה פעלה רפואה מדיצינית שעשתה שימוש גם בצמחים מיובאים המוכרים ברחבי העולם. מרבית מאותה רפואה עממית עתיקה נזנח בימינו, אך בטיול בשווקים המקומיים נמצא עדיין את אותם צמחים מקומיים דוגמת העולש והמלוחייה, הבבונג והסרפד, לצד תבלינים רבים המשמשים כצמחי רפואה לכל דבר ועניין.
בימינו, צמחי מרפא בישראל – שהיו חלק מארסנל הכלים בידיו של המטפל המקומי – אינם באים לידי שימוש מלא, זאת כיוון שחלק גדול מהצמחים לא נחקרו דיים ועל-כן לא מופיעים ברשימת הצמחים המותרים לשימוש במקומותינו. עם זאת, ובמקביל להתפתחות המחקר המודרני, גם צמחי ארצנו זוכים לחשיפה ושימושיהם המקוריים מאוששים באמצעים מהימנים.
